篇首语：本文由小编为大家整理，主要介绍了ITK-Snap 处理医疗影像相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
文章目录
- 0 引言
- 1. ITK-Snap基本功能
- 1.1 ITK-Snap视图介绍
- 1.2 File菜单
- 1.3 Edit编辑菜单
- 1.3 Segmentation 图像标注
- 1.4 Workspace
- 2. Tool 工具的使用
- 2.1 Lager Inspect 查看图像的信息
- 2.2 Active Main Tool
- 3 人工分割
- 3. 1 多边形分割
- 4 半自动分割的步骤
- 参考文献
0 引言
由于最近接触了医疗影像的相关领域，特此学习了医疗影像相关的知识，与传统的图像处理领域有许多的不同，医学图像数据采用DICOM格式
DICOM：（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和通信，DICOM被广泛应用于放射医疗，心血管成像以及放射诊疗诊断设备（X射线，CT，核磁共振，超声等），并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用，DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。参考自百度百科https://baike.baidu.com/item/DICOM/2171358?fr=aladdin
对于处理DICOM的软件有众多，本文章采用ITK-Snap来进行介绍。ITK-Snap的主要功能是对医学图像进行分割，包括2D与3D的分割，包括人工分割与半自动分割。本文主要介绍ITK-Snap的基本使用，包括基本功能的介绍，医学图像的查看以及医学图像的标注
1. ITK-Snap基本功能
1.1 ITK-Snap视图介绍
在刚开始使用软件的时候，可能上来就被该软件的视图搞蒙了，类似于咱们数学上的三视图，但是他是从CT扫描的视角观察的
三个切片窗口分别为：
- 轴向面（Axial）
- 冠状面（Sagittal）
- 矢状面（Coronal）
-
常用的有轴向面与冠状面，可以帮助我们进行空间上的定位与标注
-
显示一个主图
- 对当前进行截图
- 使用大小
1.2 File菜单
- 常用的打开功能，这里不多介绍，会使用基本的软件路径打开即可
- 重点介绍ITK-Snap特有的功能
Add Another Image可以进行不同DICOM文件的融合，比如不同段的CT扫描图像save Image -> main Image可以对文件进行另存export导出文件:
Image Slice单对切面的导出，导出的格式为png， 不包含标注的图像Screenshot / Screenshot Series将图片导出为截图的格式，包含了图片的标注信息。与导出切片不同，导出的截图与图像在软件中的显示是一样的，常用于一些图像的说明
1.3 Edit编辑菜单
Undo撤销，Redo重做Foreground Label与Background Label是不同标注之间的关系
Clear Label为前景，Label1为背景可以对红色进行删除，即清除标签
Paint over为背景，All Label允许前景可以在任意位置标注，All visible Label允许对可见标签进行标注，Clear Label， 只允许前景对空白无标签区域进行标注
Zoom对区域进行缩放Layer处理添加的不同的层，比如：CT扫描的不同段Slice Annotations -> Toggle....可以去掉视图的标注信息，Slice Annotations -> Annotation Preference可以对标注的格式进行设置
1.3 Segmentation 图像标注
Open Segmentation打开标注的文件，标注的文件为.nii格式，可以直接进行拖拽的方式来获取标注Save Another Segmentation保存标注的图像，格式为nii， 保存的标注格式，可以直接拖拽到原始图像中Unload Segmentation可以将加载的标注去掉Export as Surface Mesh将标签保存为vtk文件Label Editor对Label的相关属性进行编辑
Volumes and Statistics获取空间的统计数据
Appearence对标签进行处理，Appearence -> ToggleVisibility隐藏所有的标签，再次选择则会返回；Increase / Decrease Opacity增加/减少透明度，可以使得标签更明显
1.4 Workspace
- 主要用于保存工作空间，有时候工作没有进行完，使用保存的工作空间继续进行以前的工作
- 保存的文件格式为：
.itksnap
2. Tool 工具的使用
2.1 Lager Inspect 查看图像的信息
- 包括主图信息与标注信息
Contrast可用于调整窗宽窗位，主要是图像的对比度Color Map可用于调节显示的颜色，比如调节为伪彩，便于观察， 但常用的还是灰度图
info与metadata展示图像的基本信息
2.2 Active Main Tool
- 主要的标注工具
Crosshiar Tool即图像中的十字虚线定位点Zoom/Pan Mode用来缩放图像Polygon Drawing Mode多边形勾选区域，可以设定选定的模式，1）使用Smooth curve2) 使用Polygon多边形PaintBrush Mode用来涂画标注的区域Active Contour Segmentation Mode半自动进行区域的标注Annotation Tool可以标注图像上两点之间的距离，
3 人工分割
3. 1 多边形分割
- 选择的曲线为Smooth curve
- 使用多边形工具勾画以后，使用accept获取分割的区域
- 使用
paste last ploygon应用最后的轮廓
- 使用画笔工具进行涂画，选择不同的大小进行边界以及内容的填充，选择边界自适应填充可以根据不同的CT值，来填充不同的区域
- 自适应画笔的效果
- 最终的效果
4 半自动分割的步骤
**半自动分割的基本过程： **
-
使用矩形框进行框选，并在多个视图中确定区域
-
在左侧进行3D分割
- 看第二个视图， 蓝色为丢弃区域，白色为选择的区域，进行CT阈值的调节，来选择想要的部分。参数调整完毕后，选择next进行下一步操作
- 在要扩散的区域选择点，进行自动扩散
- 观察到区域在不断的扩散
- 3D的结果
参考文献
b站视频
- https://www.bilibili.com/video/BV1dK411F7jW
- https://www.bilibili.com/video/BV15B4y1A7ER/
- https://www.bilibili.com/video/BV1rL4y1p7gW
- https://www.bilibili.com/video/BV1634y1X7Nb
以上是关于ITK-Snap 处理医疗影像的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章
